本实用新型涉及一种电动自行车控制器，包括单片机、霍尔信号处理电路、电机电流检测电路、电池电压检测电路、脉宽调制电路、转速设定电路、电机驱动电路、自举电路，其特征在于：还包括防盗模块，防盗模块包括防盗信号发生器、防盗电路、控制电路，防盗信号发生器经防盗电路输出防盗信号至单片机，单片机的输出端分别连接控制电路和电机驱动模块，控制电路的输出端连接单片机和脉宽调制电路。本实用新型将防盗、报警、反充电功能集成于其中，在不增加硬件成本情况下，具有良好的防盗性能和续驶能力。