本实用新型涉及电动车辅助设备技术领域，尤其是一种电动自行车用控制器外壳结构，包括相互配合对接的铝壳上盖、硅胶垫与底板，所述铝壳上盖与底板之间设置有硅胶垫，铝壳上盖中间设置有五孔接线柱通孔，五孔接线柱通孔上设置有五孔接线柱与压线小盖板，铝壳上盖一侧沿宽度方向侧面设置有一体化集插插头通孔，一体化集插插头固定在一体化集插插头通孔内，铝壳上盖的底部还设置有固定螺丝孔、MOS管贴紧面与硅胶垫防水槽，机芯板与底板之间设置有硅胶垫，所述硅胶垫沿着硅胶垫防水槽放置。本实用新型不但提高了控制器的最大功率，而且给MOS管提供一种良好的散热结构，解决了MOS管散热的同时，采用集插头引出功能线替代传统繁琐的引出线束。