一种多层隧道式微波干燥灭菌机，将排湿箱设在加热箱箱体的后侧面，与炉门或箱体上的对流装置形成空气对流，便于加热箱箱内的湿气快速排湿及物料的均匀受热。多层输送机构分为微波干燥灭菌区域和晾干冷却区域，在微波干燥灭菌区域内物料经多次翻动与移位均匀地吸收微波能量；随后通过晾干冷却区域，再经多次翻动与移位在常温下冷却、定型，有效地防止物料变形。输送机构的落料位置设置翻料装置，能够确保物料在输送的过程中向下一层移位时的自动翻转，且能保证物料准确落位不散落。加热箱的两端、对应于物料落料位置处设置的除尘装置，吸除物料在输送和翻动过程中产生的粉尘。适用于制药、食品、化工、纸制品等领域中的物料干燥、灭菌及防霉。