本实用新型公开了一种微小个体分离装置，其包括分离室，分离室上设置有进样通道、出样通道、废液通道，在进样通道、出样通道及废液通道的交汇处设置有观察区，观察区所对应分离室的室壁为由透明材料制成；在分离室上还设置有个体提取装置，所述的个体提取装置通过出样通道将所需的个体分离提取出来，在废液通道设置有阀门式开关。本实用新型的优点在于：该装置操作简单，一般的专业技术人员就能使用该装置，同时本装置还实现分离样品预培养与微小生物分离筛选一体化，并实现分离筛选半自动化，无需分离筛选的中吸取样品等中间环节，大大降低工作量。