一种分析含有难于被区分的颗粒的样品的方法和系统。所述系统和方法测定在所述样品中颗粒的被选择组的第一集体计数，处理所述样品的至少一部分以改变所述颗粒被选择组的子群，测定在所述样品的被处理部分中颗粒的任何被选择组的第二集体计数，以及从所述第一集体计数减去所述第二集体计数，以确定对于由所述样品的处理而被改变的颗粒子群的差异计数。所述方法和系统以测定在样品(如脊髓液)中红血球和白血球的浓度为例而被描述，使用自动颗粒识别技术，而不必试图区分和计数在相同的样品部分中共存的红血球/白血球。