在作为宿主细胞的大肠杆菌中导入至少一种由参与2－脱氧－青蟹肌糖合成的基因构成的基因表达盒，配制转化体，使用此转化体，由D－葡萄糖、寡糖、多糖、淀粉或米糠合成2－脱氧－青蟹肌糖。将含有此2－脱氧－青蟹肌糖的培养液，用由氢离子型强酸性阳离子交换树脂和有机酸离子型碱性阴离子交换树脂构成的混合柱或双柱进行处理。使该被精制的2－脱氧－青蟹肌糖与三甲氧基甲烷反应，变为2－脱氧－青蟹肌糖二甲基缩酮，结晶化·精制后，在酸存在下水解，高度精制。