一种用于消毒渠内流体消毒的紫外线消毒系统，至少包含一个紫外灯模块、与紫外灯模块内紫外灯管匹配的镇流器和电控制系统组成，每个紫外灯模块包含若干支紫外灯管和紫外灯管的支撑框架，其特征在于：所述紫外灯管的镇流器也采用模块式结构，即每个紫外灯模块对应一个镇流器模块，每个镇流器模块包含若干个镇流器和一个用于封装镇流器的镇流盒，所述镇流器盒的底部高于消毒渠中流体的液面高度，每个紫外灯模块对应的镇流器独立封装，散热面积大，能够有效散热，很好地解决紫外消毒系统中镇流器发热问题，所述紫外线流体消毒系统可以广泛地应用于液体或气体消毒系统，尤其是大流量的水消毒系统，达到满意的消毒效果。