本实用新型涉及一种船上微波处理压载水装置，包括微波入口、微波屏蔽器、压载水处理管路、压载水处理管路密封器、压载水进出口管路、接口和反应室，微波屏蔽器设在反应室的外层，反应室上设有微波入口，反应室内置有压载水处理管，反应室两端设置的压载水进口管路与压载水处理管相连接，压载水进出口管路与压载水处理管之间设有压载水处理管路密封器，压载水进出口管路上设有与船上现有压载水加载管路两端相连的接口。经微波处理后的压载水经出口管路最终进入压载舱，将压载水中的浮游植物、浮游动物、细菌和孢子等迅速杀死。本实用新型解决了现有船舶压载水处理技术的不足，提供了一种实用有效、易于在船上进行推广的压载水处理装置。