本实用新型公开了一种汽车风扇控制器密封结构，包括底座、壳体、线路板组合、上盖、金属盖，其特征在于：所述的底座内侧的四周设有填充密封胶的双面“U”形凹槽，所述的壳体的下端面与底座上双面“U”形凹槽相连，上端面与上盖相连接，所述的线路板组合安装在壳体内侧突起的台阶上。采用了双面“U”形凹槽填充密封结构形式，大大提高了产品的耐溶剂密封可靠性和制造工艺性，生产效率高，产品成本合理，使得扇控制器可以完全替代传统的机械驱动冷却风扇形式，有效地提高发动机冷却系统散热能力的灵敏性和可靠性。