一种灭菌设备用药水匣，其具有一顶壳、一底壳及组装在顶壳与底壳之间的复数个药水囊，在该顶壳上形成有复数个气孔，在该底壳上形成有复数个穿孔，在该等药水囊中盛装有供灭菌用的药水，使用时是将药水匣置入灭菌设备之中，当进行灭菌操作时，灭菌设备中的针头可穿过药水匣底壳的穿孔而刺入一药水囊中，将药水导入设备灭菌反应腔中进行灭菌，复数个药水囊可供多次灭菌操作使用，藉此可达精确控制微量供应药水的功效。