本实用新型公开了一种自动通量箱采样分析装置，包括红外CO₂分析仪、缓冲器、干燥器、过滤器、流量计、气泵、数据采集器和多个通量箱，所述数据采集器通过电路与红外CO₂分析仪连接，红外CO₂分析仪的进气口通过气路管道依次与流量计、过滤器、干燥器、缓冲器连接，缓冲器与一多通阀连接，多通阀分出若干支路，每一支路上设有一电磁阀后与一通量箱相连通，形成流入气路；红外CO₂分析仪的出气口通过气路管道连接一气泵，气泵连接一多通阀，该多通阀分出若干支路，每一支路上设有一电磁阀后与一通量箱相连通，形成流出气路，气路上的电磁阀与一逻辑控制器相连接。本实用新型测量时能够对多个地点连续循环采样分析，对观测对象扰动小，测量精确性高。