一种多灯管系统保护架构，应用于驱动多个灯管回路的多灯管驱动系统，其特征在于将回路的两相位相反的负载区隔定义为第一负载以及第二负载，而该第一负载与该第二负载间连接由第一分压元件及第二分压元件相互串联形成的分压回路来侦测该第一负载与第二负载间的故障电流，其中该第二分压元件连接接地端，且该第一分压元件与第二分压元件之间还连接信号撷取端，该信号撷取端通过该故障电流撷取故障电压信号传送至保护单元，使该保护单元检测该故障电压信号后关闭该驱动系统，改善以往多灯管驱动系统保护不周全的缺点。