本实用新型涉及一种真空系统中应用的磁流体密封转轴，特别是在高温加热环境下、进行动态制备薄膜设备中应用的密封转轴。其包括主轴和主轴外围的磁流体密封，其中由进水管、顶部水箱和出水管构成的冷却水路形成水冷层，该进水管和出水管在主轴外侧均匀布置。本实用新型改进原有主轴水冷系统的结构，解决了瀑布式水流在主轴尺寸较大时的水冷不均匀现象，保证主轴各个地方均能够得到充分的冷却，使之适用于高温加热环境的严酷要求，并能够保证主轴充分冷却的前提下使用磁流体密封结构。