本实用新型公开了一种琼脂板打孔套件盒，其结构是在盒体的内腔中设有卡嵌结构，打孔器固定在卡嵌结构内；在盒盖上设有图谱放置结构，在图谱放置结构中放置有标准图谱；所述的标准图谱是在纸张或塑料布上按打孔位置印有圆孔。本琼脂板打孔套件盒将打孔器和标准图谱放置在盒内，可直接用标准图谱和打孔器铺在玻璃板或平皿上的琼脂打孔，节省了在纸上画孔的步骤，并且杜绝了在纸上画孔的误差，使打孔更加快速、准确。抑或直接使用打孔器，打出简单的孔型，还可以选择不同直径的打孔器，打出不同大小的圆孔，使用方式灵活多变。本琼脂板打孔套件盒的中空胶头可以辅助吸出孔内的琼脂，避免普通打孔器在打孔后，需用针头等挑出孔内琼脂的操作。