本实用新型涉及一种小型药用包装瓶瓶盖的自动装塞机，其结构包括有瓶盖振动筛，胶塞振动筛，瓶盖轨道，胶塞轨道，旋转体，机架，胶塞瓶盖定位装塞机构，动力及传动机构，胶塞瓶盖定位装塞机构是在旋转体中接有前后并置的立式瓶盖定位盘和胶塞定位盘，在旋转体两边分设端面凹槽凸轮和圆形端面凸轮，两凸轮支撑连接在机架上；在旋转体上滑动连接有相对的装料杆和退料杆，装料杆的一端与嵌接在凸轮端面凹槽中的滑动接头相接，退料杆的一端与圆形端面凸轮相接触。本实用新型适用于各种口服液类的小型药用瓶盖，如铝盖或铝塑盖等的生产，实现了装塞工序生产效率和成品率的显著提升。