一种防菌培养容器，包括一容器体及一密合于容器体上的顶盖，其中该容器体顶端开口周缘处设呈冂形断面的杯缘，并在内侧设有一较低的阶部，另该顶盖的周缘则设有相对而能密合于杯缘上冂形断面的盖缘，且在顶盖底面稍内侧处再设有一挡止缘，并令该挡止缘下端与容器体侧斜壁面接触在一起，所以当容器体内所蒸发的水气虽然会凝结于顶盖上，但因受到挡止缘的阻挡，使凝结的水滴会沿着挡止缘向下滴外，更因挡止缘上端处与容器体斜壁面之间形成一预定较大的空隙，让虹吸作用被阻断而使水气不会被吸入容器体与顶盖之间缝隙，故外界的细菌就不易入侵到培养容器内。