本实用新型公开了一种透气防菌的细胞培养瓶，包括瓶体，所述瓶体的一侧设置有瓶口，所述瓶口的开口处设置有瓶盖，所述瓶盖通过螺纹与瓶口旋合固定连接，所述瓶盖的端部设置有多个透气孔，所述瓶盖的内侧设置有防水透气膜，所述防水透气膜的边缘设置有固定套，所述瓶盖的内侧表面与固定套的连接处设置有安装槽，在本实用新型中的瓶体上设计了一对拼接槽和一对拼接凸起，方便两个培养瓶堆叠放置时，一个培养瓶上的拼接凸起卡进另一个培养瓶上的拼接槽内，保证两个培养瓶堆叠放置更加的牢固，另外在瓶盖上设计了可以灵活安装拆卸的防水透气膜，防水透气膜通过固定套卡进安装槽内，方便安装拆卸，便于后期多次使用可进行更换。