本实用新型涉及一种医用内窥镜应用领域，特别是一种电子内窥镜导航系统，包括操作台、环形扫描器和固定在电子内窥镜中的磁体，所述操作台穿过所述环形扫描器中心，并平行于环形扫描器的轴线方向，所述环形扫描器中呈放射状分布有多个电磁铁，所述电磁铁由一个控制装置实现控制。本实用新型通过环形扫描器中的电磁铁产生磁场，作为弹丸式内窥镜运动的动力，通过磁场的强弱和方向的改变，使弹丸式内窥镜的运动受操作者控制，再通过弹丸式内窥镜传导出的图像信息，从而达到对人体的膀胱、胃部等部位进行观察、照相、摄像等操作。本实用新型无需其他接触性的操作和控制，就能够自由移动和改变镜头的指向，具有良好的适应性和可操作性。