一种防止电磁干扰的叠层电连接器，包括：第一遮蔽壳体、第二遮蔽壳体、绝缘本体及端子组。第一遮蔽壳体具有容纳空间、第一插槽及固持结构；第二遮蔽壳体固设于第一遮蔽壳体上且具有第二插槽及封闭容纳空间的屏蔽构件；绝缘本体容置于容纳空间内，绝缘本体的第一、二连接舌板分别容置于第一、二插槽，绝缘本体的屏蔽部对应于屏蔽构件并固定于固持结构上。藉以有效固定第一、二遮蔽壳体与绝缘本体，提供多数规格的接头电连接器插置，提高组装的稳定，以避免整体结构发生松脱，藉以达到金属阻隔、屏蔽的效果，有效防止外部电磁的干扰。