本实用新型公开了一种向蜂窝柔性材料中填充铁粉的自动填充系统。它包括加工中心、加工中心主轴、刀柄接口、铁粉填料装置、蜂窝柔性材料、磁性固持平台、加工中心平台、支撑托架，加工中心上部设有加工中心主轴，加工中心主轴下端设有刀柄接口、铁粉填料装置，加工中心下部设有加工中心平台，加工中心平台上设有磁性固持平台，磁性固持平台上放置蜂窝柔性材料，支撑托架放在加工中心平台的一角。本实用新型利用数控加工中心的自动换刀和控制功能，通过加工中心主轴的刀柄接口自动抓住铁粉填料装置，在数控程序驱动下，向指定蜂窝柔性材料区域填充一定厚度的铁粉。填充结束后，数控加工中心将铁粉填料装置放回到支撑托架上，不会干涉加工过程。