本实用新型提供一种漩涡式水灯蜡烛结构，其包含：一主座体，为具有开口端的中空座体；一动力马达，组设于主座体内，其轴端组设一磁性件；一发光组，设置于主座体开口端内侧周缘处；一透光水灯座，具有一中空容室，外部座体包覆有流动液体，透光水灯座设于主座体开口端与发光组上方，底部对应磁性件设有一磁动件；一发光元件，组设于透光水灯座中空容室的开口端处，与一贯通透光水灯座及主座体的连接管连接而连通电源。本实用新型利用动力马达驱动磁性件来带动磁动件转动，让水灯内的液体产生漩涡式流动效果，结合发光元件的闪烁效果，兼具闪烁视觉及流体视觉观赏的双重趣味效果。