一种超声波除藻装置，包括超声波发生器、电缆和超声波发射器，其特征在于：所述的超声波发射器至少为2支、双频率，采用并联方式经电缆与超声波发生器连接。所述的超声波发射器其中一支频率为16～40KHz的低频超声波，另一支频率为40KHz～2.0MHz的超声波。通过采用不同频率的超声波，能够分别利用超声波的空化效应和振动效应，对水体中所有的藻类均有较好的去除效果，去除率可达到80％以上；本实用新型安装和操作简便，无二次污染；投资和运行成本低；对水生动植物无影响。本实用新型可根据水体中水藻的不同类型和污染程度等不同需要，设置多支、多频率超声波发射器，使除藻效果更佳。