本实用新型提供一种热脉冲信号发生系统，包括：蓄热池，蓄热池控制模块，蓄冷池，蓄冷池控制模块，控制模块，输入模块，显示模块，所述热开关模块包括：输出热管；蓄热池导热热管，其一端位于所述蓄热池内，另一端连接有第一导热片；蓄冷池导热热管，其一端位于所述蓄冷池内，另一端连接有第二导热片；设有控制端的牵引模块，其控制端与所述控制模块相连接，所述输出热管位于所述牵引模块上。本实用新型输出热脉冲信号的幅度和频率是可以调节的，并且热脉冲信号的平均功率也是可变的，热脉冲信号的波形是可以选择的，具有结构简单、操作方便的优点。可广泛应用于生物、医学、农业、工程热物理、热计算与热控制技术等需要热脉冲信号的领域。