本文中描述了用于组织样本中的多个标志的共表达分析的方法，包括：计算用于多个单标志通道图像中的每一个的标志表达的热图，其中，所述多个单标志通道图像中的每一个包括单个标志；识别标志表达的每个热图中的一个或多个候选感兴趣区域；计算覆盖掩膜，其包括从标志表达的每个热图识别的一个或多个候选感兴趣区域；从覆盖掩膜确定一个或多个共定位感兴趣区域；将所述一个或多个共定位感兴趣区域映射到所述多个单标志通道图像中的每一个中的相同坐标位置；以及估计所述多个单标志通道图像中的每一个中的已确定的一个或多个共定位感兴趣区域中的至少一个中的细胞的数目。