基于基因共表达网络分析的癌症转录组数据处理方法，涉及数据处理领域，包括获取原始数据集；原始数据的预处理；识别差异表达基因；构建基因共表达网络；挖掘基因模块；基因模块与临床指标的关联分析；基因模块的富集分析；识别关键基因；探究关键基因的功能；关键基因的生存分析。由富集分析结果可知，使用该方法划分的基因模块具有显著的生物学意义；由Disgenet数据库对于关键基因的验证结果可知，使用该方法识别出的关键基因大部分均与肿瘤疾病有关。该方法在基因模块的挖掘及关键基因的识别方面具有良好的效果。该方法可作为癌症疾病转录组数据的一个重要工具，其应用也为进一步了解癌症疾病的患病机制提供了新的方向。