本发明提供了通过表征个体的微生物群系、监测所述微生物群系的影响来检测一个或更多个胃肠问题和/或确定、显示或促进对胃肠问题的治疗的方法、组合物和系统。还提供了用于生成和比较微生物群系组成和/或功能多样性数据集的方法、组合物和系统。还提供了用于生成针对便秘问题、腹泻问题、痔疮问题、腹胀问题以及乳糖不耐受问题的表征模型和/或治疗模型的方法、组合物和系统。