本发明提供了通过表征个体的微生物群系、监测所述微生物群系的影响来检测一个或更多个脑‑颅面健康问题和/或确定、显示或促进对脑‑颅面健康问题的治疗的方法、组合物和系统。还提供了用于生成和比较微生物群系组成和/或功能多样性数据集的方法、组合物和系统。还提供了用于生成针对失眠问题、浅睡眠问题、头痛问题、窦炎问题或注意力低下问题的表征模型和/或治疗模型的方法、组合物和系统。