本公开内容提供了用于组装真核或原核生物体的基因组的方法。本公开内容提供了用于单元型定相和宏基因组组装的方法。本公开内容提供了用于完成这些任务的流畅作业法，使得中间体无需被亲和标记物标记来促进与固体表面的结合。本公开内容还提供了用于从头生成异质宏基因组样品或从多个个体获得的样品中未知生物体的支架信息、连接信息和基因组信息的方法和组合物。所述方法的实施可允许对异质样品中的未培养或未鉴定的生物体的整个基因组进行从头测序，或确定从多个个体获得的包含核酸的样品中的核酸分子的连接信息。