本发明公开了多靶标核酸检测的微流控芯片及检测方法，包括一种多靶标核酸检测的微流控芯片，包括：芯片主板，包括观察面与流动面，所述观察面与流动面表面均设有薄膜层；所述芯片主板上方设有加样漏斗，所述加样漏斗内设有加样口；所述观察面上部设有数个扩增孔，所述扩增孔内设有冻干酶球一，所述扩增孔侧边设有囊泡孔，所述观察面中部设有倍数于扩增孔检测孔，所述检测孔内设有冻干酶球二。本发明的有益效果为：将样本的提取、扩增和检测分开进行，其中提取步骤在提取瓶中实现，然后加样直接用提取瓶滴加到芯片的方式完成，将扩增和检测在同一个芯片上分步进行，保证反应充分和检测精度。