本发明提供了一种投标保证金的管理方法及管理系统，其中，投标保证金的管理方法，先从银企交互系统获取实时的交易数据作为投标保证金的收入数据；然后通过银行到账明细中的银行账号，维护其基础数据后，使用在收款确认与退款支付中。本发明提供的投标保证金的管理方法，一方面，无须手工维护台账，提高了收款和退款的速度，从而提高了投标单位的工作效率，另一方面，通过银企互联的实时交易数据，确认收款的记录作为退款的待办来源，确保投标保证金的收入的账实相符，从系统上降低了重复支付和算错退款金额的概率。