本发明公开一种流量调度方法和系统、软件定义网络控制器。该方法包括：流量监控网管对城域网出口流量进行监控，并把流量监控数据输入给软件定义网络控制器；软件定义网络控制器根据流量监控数据确定流量调优命令；软件定义网络控制器向被控设备发送边界网关协议流量规范消息，所述边界网关协议流量规范消息包括流量调优命令；被控设备将所述边界网关协议流量规范消息转发给骨干网内除被控设备外的其它核心设备；核心设备根据流量调优命令将流量调到新路径，以实现流量的调优。本发明通过SDN集中式架构可实现流量的实时动态调优，由此提升了网络整体利用率；BGP flowspec信息可灵活在网络传播，从而减少了逐一配置的巨大工作量。