一种分离花生壳中黄酮类化合物手性圣草酚的方法及其应用，属于植物提取分离药物技术领域。所述的方法步骤如下：花生壳的处理；用乙醇对花生壳粉末回流提取1~3次，得浓缩液；将提取液浓缩，并调节pH，稀释，过大孔树脂柱，水洗脱，乙醇洗脱并收集洗脱液，浓缩，得纯化物；配制醋酸铵，调节体系pH，在配制好的缓冲液中加入MAH‑β‑CD混合、溶解、定容，得运行缓冲液；将纯化物用滤膜过滤，利用毛细管电泳法分离得到R构型体2R‑圣草酚和S构型体的2S‑圣草酚两种圣草酚对映体。本发明的优点是：提高了花生壳的综合利用率，提取分离操作简单、分析时间短、效率高，选择了合适的手性选择剂，分离效率高、手性选择剂用量少、性价比高，分离度达到了4.17。