本发明公开了一种多重介质有水气藏水平井开发的设计方法，该方法包括：建立多重介质有水气藏的地质模型；建立水平井模型；将水平井模型耦合到地质模型中，得到组合模型；采用控制变量法分别调整组合模型的模型参数中的至少部分模型参数并设定生产年限，进行水平井的模拟生产，至少部分模型参数包括：产量规模、无因次避水高度、裂缝发育带分布在水平井的水平段上的位置、裂缝高渗带的带宽、裂缝高渗带的渗透率和裂缝密度；分析模拟生产的数据结果，得到至少部分模型参数与累产气量、产气年限的对应关系。本发明通过模拟生产分析模拟数据，能够合理准确指导水平井的设计。