本发明提供一种含天然抗菌组分的微生物发酵复合无抗饲料，包括基于好氧‑厌氧复合菌种联合分段发酵的发酵物、复合天然抗菌组分、非植物源蛋白/多肽复合营养补充剂以及至少包含大豆蛋白基氨基酸/多肽复合螯合物的添加剂，所述复合菌种至少包括乳酸菌、枯草芽孢杆菌、选自产朊假丝酵母或酿酒酵母的酵母菌，以及粪肠球菌。其中，联合分段发酵的发酵物由好氧‑厌氧复合菌种通过对发酵原料进行二次发酵制备得到。本发明通过微生物发酵饲料和天然抗菌组分的组合，有益于动物肠道菌群平衡，可防止消化道菌群失调，提高动物机体免疫功能，减少或代替饲料抗生素的使用，显著提高饲料消化吸收效率和动物肉质品质。