本申请实施例公开了一种确定系统耗时异常的方法、装置及电子设备，所述方法包括：确定目标时段内目标场景对应的系统耗时是否存在异常；如果存在异常，确定所述目标时段内所述目标场景对应的参考调用实例；基于所述参考调用实例在所述目标时段内调用系统的内部节点的系统耗时，以及历史调用实例在历史上调用所述系统的内部节点的系统耗时，在所述系统的内部节点中确定所述目标时段内的系统耗时异常节点，其中，所述历史调用实例与所述参考调用实例的实例结构相同或相似。