本发明公开了一种基于风险管控的区域多机场不正常航班恢复方法，首先构建区域多机场航班运行调度模型，其次运用模糊层次分析法定量评价各单位相关危险事件的风险值，最后构建基于风险管控的区域多机场不正常航班恢复模型，并根据模型特征将实际航班恢复方法应用于算法邻域解得产生机制中，设计基于智能邻域选择的多目标优化算法求解模型。本发明能够适用于区域多机场的不正常航班恢复问题，在考虑区域多机场系统关联耦合的资源约束下，对不正常航班诱发系统内关键危险事件的安全风险隐患进行针对性控制，从全局的角度协调区域多机场系统的航班恢复方案，使区域多机场的不正常航班恢复计划具有更强的安全性与可操作性，具有广泛的推广应用前景。