本发明公开了鉴定多对生物分子间相互作用调控因子的方法。本发明运用多价互作大分子建立相变体系，并将每对互作生物分子中的一个生物分子与形成相变的多价大分子之一进行共价连接，使其聚集于相变液滴中；同时将每个生物分子的互作配体分别与不同报告基团相连，创建一系列重组生物分子，这些重组生物分子可与相变液滴中的相应生物分子形成生物分子对而发生相互作用进而聚集于相变液滴中，可通过检测不同报告基团的信号以确定相应生物分子对间是否具有相互作用。在此基础上，通过向体系中加入生物分子互作抑制剂，并通过检测相变液滴中不同报告基团信号强度的变化实现多靶点生物分子互作抑制剂的同步高通量筛选。