本发明公开了一种电磁复合生物大分子分离技术，将电泳槽内的凝胶沿物质分离方向平行划分出若干分段区域，每一个分段区域内有独立的电场和磁场；所有的分段区域内的电场和磁场均为可控；电场和磁场共同作用驱动生物大分子进行移动，且保证所有分段区域的生物大分子的移动方向是平行的。本发明在电泳槽内增加了磁场发生器，利用磁场作用生物大分子运动的特性，实现生物大分子分离过程中保持直线运动，不会出现方向的偏差，设计合理，结构简单，实际使用效果好，开创了磁场使用在生物大分子分离上的先河。