本发明公开了一种饮用水中总大肠菌群的快速检测方法，使用大肠埃希氏标准菌株制备阳性对照样品，染色后通过流式细胞术分析，设置阈值、圈定总大肠菌群区域门；待测样品前处理后进行流式细胞术分析，根据阳性对照来确定参数计算样品中总大肠菌的细胞活性和数量。本发明通过流式细胞术，不仅能够有效快速的检测水体中总大肠菌群的总数，还能够通过特异性荧光染料，同时检测出不同细胞活性细菌：活体菌数、死亡菌数、受损菌数，科学地解析水体中总大肠菌群的实际活性状态，真实地反映饮用水中总大肠菌群的动态分布和潜在威胁。本发明的检测方法测定结果重复性好，精确度高，快速高效，可用于饮用水水质突发污染事件中总大肠菌群的检测。