本发明公开了一种编码方法及系统，其中方法包括：根据应用信息和用户的身份信息，生成标识应用及用户在该应用上的CA身份和注册事实的基础甄码；在交易过程中时，通过电子签名的方式，在基础甄码的基础上，不断加入后续用户的应用CA身份和新的交易信息，更新生成交易甄码。本发明提供的编码方法和系统，其编码中包含了具有法律效应的CA电子身份认证，并且通过不断的电子签名，不断更新即可生成链状交易甄码，形成完整的电子证据链。利用本发明提供的编码方法及系统，能够较好地实现具体应用和用户身份的关联，同时，可以实现多组数据互校，不易被破解或复制，从而形成可靠的证据链。