本发明属于微生物采油技术领域，具体涉及一种高含水水平井微生物处理降水增油的方法。该方法具体包括以下步骤：试验油井的筛选；硝酸盐还原菌的筛选；产生物多糖微生物的筛选；复合菌最佳配比的确定；现场注入工艺参数的确定；现场试验及效果评价。本发明具有油藏适应范围广；本发明的复合菌和营养液，均为水溶性物质，有较强的注入能力，不会引起注入压力升高，不会对油藏造成伤害；同时本发明利用钙盐和铁盐的沉淀和生物多糖形成具有较高封堵强度的复合堵剂，实现水平井的有效堵水，封堵效果较好。