本发明提出了一种基于逐时间窗分析的脑功能连接动态可变性度量方法，包括：采集M个人的fMRI数据并进行预处理；采用滑动时间窗技术将fMRI数据划分为T个时间窗；构建每个人每个时间窗下的脑功能连接矩阵；针对每个人，分别计算所有时间窗下的脑功能连接矩阵对应位置值的标准差，得每个人的功能连接标准差矩阵，其每个值对应着标准差法求得的每条功能连接动态可变性；针对每个人，计算所有时间窗的斜率均值，得每个人的功能连接斜率矩阵，其每个值对应着斜率法求得的每条功能连接动态可变性；结合标准差和斜率法，最终进行脑功能连接动态可变性高低的判定。本发明实现了对脑功能连接的动态可变性更准确、全面地度量。