本发明涉及一种从肝素钠样品中提取基因组DNA的方法，首先向肝素钠样品中加入裂解液，待充分裂解后进行离心，取上清液转入DNA吸附柱中，然后加入漂洗液进行漂洗，最后加入Buffer E或者灭菌水进行洗脱，洗脱液即为基因组DNA溶液。本发明方法步骤简单，影响因素少，重复性和重现性高，并且简单快速，2h内即可获得超纯的基因组DNA片段，极大的消除了肝素对PCR实验的抑制，解决了现有技术中需要采用肝素酶来清除肝素带来的成本高、处理时间长的问题，本发明方法提取的基因组DNA可直接用于PCR等其它分子生物学下游实验，提取过程中无任何有毒的试剂，环保安全，还可配合自动化核酸提取仪，高通量提取DNA。