本发明公开了一种超敏蛋白复合酶制剂及其制备方法与应用，属于酶制剂技术领域。该蛋白复合酶制剂由复合酶，沸石粉，葡萄糖和水发酵制备而成；所述复合酶由超氧化物歧化酶，菠萝蛋白酶，纤维素酶，脂肪酶，淀粉酶，低聚糖酶和木瓜蛋白酶组成。本发明还提供了上述蛋白复合酶制剂的制备方法及其应用。本发明蛋白复合酶制剂能够有效降解粪便，垫料中加入该超敏蛋白复合酶后，能够加快猪排泄物的降解速度，实现构建科学环保的生产管理模式，建立健康的养猪模式，生产营养、安全的猪肉。同时还能够延长垫料的使用期限，降低养殖成本，还可以使得垫料的厚度降低，极大地减少猪发酵床的制作成本，同时避免垫料温度过高对猪造成损伤。