本发明公开了一种提高重组人源胶原蛋白生产水平且降低蛋白降解速度的发酵工艺。所述工艺首先将毕赤酵母菌种液接种到灭菌的发酵培养基中，酵培养，在甲醇诱导培养阶段向发酵培养基中加入0.1～10g/L的柠檬酸铵。本发明在发酵过程中，选取在甲醇诱导表达阶段加入柠檬酸铵，提高了重组人源胶原蛋白的生物合成速率，并且采用连续流加的方式，能够进一步提高重组人源胶原蛋白的生物合成速率，发酵时间缩短，同时重组人源胶原蛋白的表达量增加，发酵水平提高了20％以上，同时也提高了重组人源胶原蛋白在发酵液中的稳定性，节约了生产成本，特别适用于重组人源胶原蛋白的工业化大规模生产，能够为产业化生产带来巨大的实际应用价值。