本发明公开了功能性丝胶蛋白水凝胶及其制备方法和应用，所述方法采用特定家蚕丝素缺失型突变品种的蚕茧，提取丝胶蛋白水溶液，经超声处理，获得具有新特性的丝胶蛋白水凝胶。所述丝胶蛋白水凝胶具有高透明性；具有与传统水凝胶不同的微观结构，水凝胶微孔为波浪式由大到小而又由小至大的有序排列；同时具有优秀的弹性，可注射性及可控成胶时间的特性；所述丝胶蛋白水凝胶在药物控释方面也具有一定的应用价值；所述丝胶蛋白水凝胶对细胞具有较强的亲和性，能够支持细胞的粘附增殖；丝胶蛋白水凝胶及其经过冻干得到的三维多孔丝胶蛋白生物支架，可作为细胞外基质支持细胞生长和促进营养物质交换，可应用于多种组织损伤的修复和疾病的治疗。