本发明公开了一种双极板的制备方法，包括以下步骤：将设计好镂空图案的挡板贴合衬底表面放置；用反应离子束轰击衬底，对衬底进行微米或纳米级别的沟槽刻蚀；撤离挡板，在衬底表面均匀涂抹胶体，所述胶体填满沟槽；将衬底表面抛光磨平，去除高于衬底表面的胶体残留层；在衬底的表面沉积电极薄膜，形成样品；将样品进行烧结，去除沟槽中的胶体，得到与电极有机结合的双极板。本发明采用挡板加上反应离子刻蚀的方法对衬底进行沟槽刻蚀，可实现微米或纳米级别的沟槽设计，增加燃料电池的空间能量密度以及体积密度，提高空间利用率等，使得具有这种沟槽结构的全固态薄膜燃料电池更小型化；能够把双极板和燃料电池的电极有机结合起来，生产工艺一体化。