本发明公开了一种基于多云端的医疗数据保护和访问系统及方法，系统包括医疗数据拥有者、若干云服务器、医疗数据访问者；医疗数据拥有者，用于将医疗数据分割成多个医疗子数据后对子数据进行加密，并将加密的子数据上传给多个云服务器；云服务器，用于接收和存储加密的医疗子数据；医疗数据访问者，用于下载存储在多个云端的加密医疗子数据，并获得医疗数据拥有者提供的访问权限，通过计算恢复原始的医疗数据。通过数据表示、子数据产生、对子数据加密处理和上传加密子数据到云服务器实现数据存储；从部分云服务器下载加密子数据、构造矩阵、进行矩阵计算、获取访问权限和解密获得医疗数据实现数据访问；本发明计算开销小，同时具有很高的安全性。