本发明公开了一种ε‑聚赖氨酸的纯化方法，所述纯化方法为：(1)将ε‑聚赖氨酸盐酸盐加入到水中，配制成质量浓度15‑25％的ε‑聚赖氨酸盐酸盐水溶液，用氨水调节pH值，获得pH值10‑13的ε‑聚赖氨酸盐酸盐水溶液；(2)采用两隔室电渗析装置，在淡水室通入步骤(1)获得的ε‑聚赖氨酸盐酸盐水溶液，浓水室通入纯水，启动电渗析装置进行处理，当淡水室中的溶液电导达到0.1ms/cm以下时，结束电渗析；(3)取步骤(2)得到的淡水室中的物料进行喷雾干燥，喷雾进口温度在210‑220℃，收集粉末，获得ε‑聚赖氨酸，其中氯离子含量小于0.01％。本发明可以有效去除去除ε‑聚赖氨酸溶液中的Cl^‑得到高纯度的ε‑聚赖氨酸；生产效率高，不会产生大量的废水，具有绿色清洁的优势。