本发明涉及一种基于脑电图的智能辅助诊断系统，由脑电预处理、波形模型构建、波形识别、出现模型构建、出现方式识别、分布模型构建、分布方式识别、状态模型构建、病人状态识别、诊断模型构建和诊断十一个子系统组成。波形模型构建、出现模型构建、分布模型构建、状态模型构建和诊断模型构建五个子系统采用不同的方式分别构建模型；脑电预处理子系统对脑电源信号进行滤波，伪迹去除，标注和参考变换等预处理后，波形识别子系统、出现方式识别子系统、分布方式识别子系统、病人状态识别子系统和诊断子系统依次运用相应的模型对脑电数据进行处理，形成诊断意见，提供给医生作为参考。本发明能够提高脑电图医疗诊断的效率和质量。